Nach dem Tod von Papst Honorius erhob ihn der deutsche Kanzler am 14. Februar 1130 zum Papst. Die Mehrheit der Kardinäle jedoch noch am selben Tag den Gegenpapst Anaklet II. womit ein acht Jahre Schisma begann.
Nach der Rückkehr Lothars nach Deutschland Innozenz durch Anaklets Truppen nach Pisa vertrieben wo er bis zum Tod am 25. Januar 1138 bleiben musste. Zu Anaklets Nachfolger wurde IV. gewählt der sich jedoch wenig später unterwarf.
1139 fand auch das Zweite Laterankonzil das Anaklet und seine Anhänger (darunter den Roger II. ) verurteilte. Wenig später zog Innozenz an Spitze eines Heeres gegen Roger wurde jedoch und musste Rogers Forderungen anerkennen. Er starb 24. September 1143 .