In den ersten direkten Präsidentschaftswahlen am 29. Dezember 1991 ging er als Sieger hervor und erster Präsident der unabhängigen Republik Usbekistan. Nach 10 Jahren ließ sich der autokratisch regierende Präsident am 9. Januar 2000 mit 91 9 Prozent der Stimmen seinem Amt bestätigen. In einem Referendum am 27. Januar 2002 ließ er sich erneut seine Amtszeit Karimow hat sein Land zum wichtigsten Verbündeten USA in der Region gemacht.