Jürgen Fuchs kam schon früh mit DDR-Obrigkeit in Konflikt trotzdem (oder weil) er guter Sozialist werden wollte. Als Abiturient im der Studentenproteste und des Prager Frühlings 1968 wurden seine kritischen Meinungsäußerungen von der geahndet. Der Zugang zum Studium wurde ihm verwehrt und so machte er einen Facharbeiterabschluss der Deutschen Reichsbahn .
Weil ihn die Schulleitung als politisch bezeichnet hatte bedurfte es einer Eingabe ehe 1971 ein Studium der Sozialpsychologie an der Friedrich-Schiller-Universität Jena beginnen konnte. 1973 wird er Mitglied der SED . Nach einem gemeinsamen Auftritt mit Bettina Wegner und Gerulf Pannach wurde er 1975 exmatrikuliert und aus der SED ausgeschlossen. Diplomarbeit wurde abgelehnt und er konnte nicht Psychologe arbeiten.
Jürgen Fuchs zog mit seiner Frau seiner Tochter zur Familie von Katja und Robert Havemann nach Grünheide bei Berlin. Nach Protesten die Ausbürgerung von Wolf Biermann wurde er im November 1976 verhaftet. Internationale Proteste bewirkten seine Freilassung.
Im August 1977 wurde Fuchs mit seiner Familie ausgebürgert nach West-Berlin abgeschoben. Jürgen Fuchs arbeitete als freischaffender und seit 1980 auch als Sozialpsychologe im Projekt "Treffpunkt einer Kontakt- und Beratungsstelle für Problemjugendliche. Heinrich Böll und Manès Sperber zählten zu seinen Bekannten. Er engagierte in der Friedensbewegung und hielt Verbindung zur Friedens- und Bürgerbewegung in der DDR zur tschechischen Charta 77 und zur polnischen Solidarnosc und thematisierte Tabus des realen Sozialismus die Staatssicherheit und den Freikauf von Gefangenen. Das für Staatssicherheit der DDR (MfS) leitete 1982 ein Ermittlungsverfahren gegen Jürgen Fuchs ein setzte ihn zahlreichen Zersetzungsmaßnahmen aus.
Seit dem Fall der Mauer bemühte Jürgen Fuchs besonders um die Aufklärung der des MfS. Er arbeitete zeitweilig im Bereich und Forschung des Bundesamtes für Unterlagen der (BStU) dessen Beirat er 1997 aus Protest wegen Beschäftigung ehemaliger Stasi-Mitarbeiter
Jürgen Fuchs starb am 9. Mai in Berlin an Leukämie.