Die Karriere des Politikers Jürgen W. war von extremen Höhen und Tiefen gekennzeichnet.
Neben zahlreichen Erfolgen und Anerkennungen z. als Bundesminister für Bildung und Wissenschaft gab einige politische Skandale. Vom Amt des Bundesministers Wirtschaft musste er zurücktreten da er dessen Briefpapier verwendet hatte um in einem Brief die Geschäftsidee seines Schwagers zu werben. Der wurde als Briefbogen-Affäre bekannt.
1994 trat der komplette NRW-Landesvorstand der FDP um auch den Vorsitzenden Möllemann zum Rücktritt zwingen. Doch schon zwei Jahre später war wieder im Amt und führte die Landespartei Wahlkampf 2000 zu einem ungewöhnlichen Erfolg. Möllemann war des "Projekts 18" für das er bald in der Bundespartei gefeiert wurde.
Medienberichte brachten Möllemanns Firma WebTec mit im arabischen Raum in Verbindung. Anfang April 2004 berichtete die Süddeutsche Zeitung dass laut internen Aktenvermerk des LKA Nordrhein-Westfalen das Unternehmen vorwiegend Geschäfte mit Briefkastenfirmen Liechtenstein und Monaco gemacht habe.
Im Zuge der Eskalation des Israel - Palästina -Konfliktes übte er im Jahr 2002 scharfe Kritik am kriegerischen Vorgehen der und äußerte sogar ein gewisses Verständnis für Selbstmord-Attentate der Palästinenser. Von verschiedenen Persönlichkeiten insbesondere Michel Friedman dem damaligen Vizepräsidenten des Zentralrats der in Deutschland wurde ihm daraufhin Antisemitismus vorgeworfen. Jamal Karsli der von einem "Vernichtungskrieg" des Ariel gegen die Palästinänser sprach und die "zionistische zugunsten der israelischen Politik kritisierte auf Betreiben in die FDP-Fraktion NRWs aufgenommen wurde gab es dagegen eine der jüdischen Gemeinschaft und nahestehender FDP-Persönlichkeiten wie Hildegard Hamm-Brücher die bald auf Jürgen Möllemann und sogar die FDP ausgeweitet wurde.
Kurz vor der anstehenden Bundestagswahl 2002 gipfelte der Konflikt in einem umstrittenen Flugblatt welches Möllemann an alle Haushalte in Nordrhein-Westfalen verteilen ließ (siehe auch Antisemitismus-Debatte ). Nach dem für die FDP bundesweit Wahlergebnis drohten die erbitterten Diskussionen zwischen den und den Befürwortern Möllemanns sogar die Partei spalten. Als Details zu der fragwürdigen und rechtswidrigen Finanzierung des "Flyers" bekannt wurden nahm Konflikt eine andere Richtung: Möllemann drohte ein Parteiausschlussverfahren . Nach der gebrochenen Zusicherung sein kürzlich Bundestagsmandat wieder aufzugeben verlor er den letzten in der Partei und trat daraufhin im 2003 aus der FDP aus.
Möllemann war ein leidenschaftlicher Fallschirmspringer und hatte seine Absprünge auch häufig Wahlkampfauftritte in Szene gesetzt. Am 5. Juni 2003 kam er bei einem Fallschirmsprung Marl-Loemühle ums Leben. Der am 9. Juli Jahres vorgelegte Abschlussbericht der untersuchenden Staatsanwaltschaft Essen Fremdverschulden als Todesursache aus es konnte aber abschließend geklärt werden ob es sich um Unfall oder um Suizid gehandelt hatte. Festgestellt wurde dass Möllemann kurzer Fahrt am geöffneten Hauptfallschirm diesen zwar abgeworfen das Reservesystem aber ausgelöst hatte. Ein mitgeführtes elektronisches Sicherheitssystem das Reservefallschirm automatisch hätte auslösen können war abgeschaltet. wird daher von einem Freitod ausgegangen.
Weniger als eine Stunde vor dem Sprung hatte der Deutsche Bundestag Möllemanns Immunität aufgehoben woraufhin Ermittler der Polizei und Staatsanwaltschaft im Rahmen von Ermittlungen gegen ihn des Verdachts der Steuerhinterziehung sowie Verstoßes gegen das Parteiengesetz Liegenschaften und Geschäftsräume in verschiedenen Ländern
Jürgen Möllemann war verheiratet mit Carola Möllemann-Appelhoff und Vater dreier Töchter: Anja (*1966) erster Ehe und Maike (*1978) und Esther aus der zweiten.