Ferguson arbeitete zunächst als Ingenieur u.a. Bau des Erie-Kanals .
Von 1847 an arbeitete er als am Naval-Observatorium in Washington. Er entdeckte drei (siehe Liste der Asteroiden ) darunter Euphrosyne der erste Asteroid der von Nordamerika entdeckt wurde.
Zu seinem Gedenken wurde der 1941 Asteroid (1745) Ferguson benannt.