1734 erschien eine textkritische Ausgabe des Neuen wo er mit der Aussage: "Die schwierigere ist der leichteren vorzuziehen" am textus receptus festhielt wie auch an der Verbalinspiration welche er mit dem Satz begründete: Heilige Schrift wird durch nichts sicherer als sich selbst ausgelegt".
1740 erschien die "Erklärte Offenbarung Johannis" worin aus Apk 20 in chiliastischer und postmillenaristischer den Beginn des ersten eschatologischen Tausendjährigen Reiches für den 18. Juni 1836 berechnete. Bengel vertrat in der Eschatologie Dischiliasmus d. h. die Auffassung daß der Wiederkunft Christi und dem Jüngsten Gericht ein von zweimal (griechisch "dís") tausend Jahren (vgl. "dischília éte" = 2000 Jahre) vorausgehen sollte. 1742 veröffentlichte er den lateinischen Gnomon Novi einen um Genauigkeit bemühten Kommentar zum Neuen der den wahren Sinn des Textes aufschließen sollte ("Gnomon" bedeutet "Zeiger").
Mit Zinzendorf hatte er 18 Jahre lang Streit es zu einem Bruch zwischen der Herrnhuter Brüdergemeine und der von Bengel vertretenen Richtung württembergischen Pietismus kam. In diesem Streit stellte Bengel mit seiner klaren systematisierenden Einsicht in göttlichen Heilsplan gleichsam dogmatisch gegen das dynamische Systematischen abholde ökumenisch-missionarische Streben Zinzendorfs. So schreckte nicht vor chronologischen Manipulationen historischer Kalendarien zurück Zinzendorf gleichsam als abergläubische "zeichen-deuterey" abtat.