1485 in Hinterpommern geboren. Nach seinem in Greifswald und der Priesterweihe trat er verschiedene als "Lehrer der Heiligen Schrift und der an.
Als Martin Luther 1521 seine antirömische Schrift "Von der Gefangenschaft der Kirche" veröffentlicht stößt er damit auf Bugenhagens entschiedene Ablehnung. Nach intensiverem Studium Werkes schloss sich Bugenhagen der Reformation an siedelte über nach Wittenberg.
Der "Doctor Pomeranus" wie Luther ihn wurde zu einem der wirkungsvollsten Reformatoren . Neben seiner Tätigkeit als Wittenberger Stadtpfarrer 1523) und persönlicher Seelsorger Luthers hielt er in Theologie an der Wittenberger Universität (heute ).
Besonders hervorstechend war es sein außergewöhnliches er war also wie vorbestimmt für die in Norddeutschland und Skandinavien . So schuf er Kirchenordnungen für Braunschweig Lübeck Pommern Schleswig-Holstein Hildesheim Braunschweig-Wolfenbüttel und Dänemark.
Er selbst sorgte auch mit für Einführung und Durchsetzung. Mit ihrer Abfassung schuf nicht nur Regelungen für Gottesdienste sondern auch Leitgedanken zum Schulwesen und sozialen Fragen. 1539 wurde er Generalsuperintendent des Kurkreises.
Nach dem Tod Martin Luthers kümmerte um dessen Witwe und Kinder. Johannes Bugenhagen 1558 in Wittenberg.