Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften von Aretin bereits 1796 seit 1801 war er deren Vize-Präsident und Sekretär Historischen Klasse. Mit der Herausgabe der Zeitschriften Alemannia und Aurora und zahlreichen Publikationen machte er sich Bayern hinaus einen Namen in der Welt Wissenschaft.
Mit Friedrich Heinrich Jacobi dem Präsidenten Akademie kam es nach einer die Bayern Rede Jacobis (22.7.1807) zum so genannten Akademiestreit bei dem schließlich auch die Polarität Bayern / Katholiken / Franzosenfreunden und Nordlichtern Protestanten / Napoleongegnern ins Spiel gebracht wurde. Machtwort von König Max I. Joseph dämmte den Streit zwar ein verhinderte nicht ein Attentat auf Friedrich Thiersch im 1811 . Von Aretin wird beschuldigt darin verwickelt sein was nicht beweisbar ist. Er nimmt seinen Abschied und wird am 2. April 1811 nach Neuburg an der Donau versetzt.
Literatur:
Von der Aufklärung zur Romantik. Geistige Strömungen München. Herausgegeben für die Bayerische Staatsbibliothek München Sigrid Moisy. München : Pustet 1984
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