Herbart studierte an den Universitäten Jena (u. a. bei Johann Gottlieb Fichte ) und Göttingen wo er sich 1802 unmittelbar nach seiner Promotion habilitierte . Er lehrte in Göttingen als Privatdozent und außerordentlicher Professor bis er 1809 die Universität Königsberg als Professor für Philosophie und Pädagogik Nachfolger Wilhelm Traugott Krugs auf den früheren Lehrstuhl Immanuel Kants berufen wurde wo er auch an Reform des Schulwesens in Preußen mitwirkte. 1833 folgte er einem Ruf an die Universität Göttingen.
Herbart gilt als eigentlicher Begründer der als Wissenschaft. Ausgehend vom Begriff der Bildsamkeit Menschen versuchte er Erziehung und Unterricht theoretisch zu untermauern und begründete so pädagogische Richtung des Herbartianismus die im 19. Jahrhundert die wissenschaftliche beherrschte.
Die den Menschen umgebende Welt besteht Herbart aus ewigen und unveränderlichen "Realien" die Züge der Leibnizschen Monade und des Kantschen " Ding an sich " vereinigt haben.
Die Logik definiert Herbart als die von den Bedingungen der Deutlichkeit der Begriffe Denkgesetze interpretiert er ontologisch. Den Identitätssatz verstand er z.B. als die Forderung Ding stets als mit sich selbst absolut zu denken es ändern sich nur die zwischen den Dingen. Herbart negierte die Möglichkeit realen Widersprüchen in der Wirklichekit.