Johann Gerhard Oncken wurde am 26. Januar 1800 im Hause seines Großvaters des Perückenmachers Vaubel in Varel Lange Straße geboren. An Stelle seines Geburtshauses steht heute das Geschäftshaus Die Mutter Anna Elisabet Vaubel lebte bei Eltern weil der Vater ihres Sohnes sie hatte und nach England ausgewandert war. In einem Schreiben das den Pastor der lutherischen Gemeinde Varels adressiert war sich Gerhard Oncken als Vater des Kindes.
Oncken wächst vaterlos auf. Da seine für den Lebensunterhalt sorgen muss wird er der Obhut seiner Großeltern erzogen. Schon früh er in der Gaststätte Zum weißen Roß (heute: Hotel Victoria ) als Billardjunge und lernt hier den englischen Kaufmann Walker Anderson kennen. Dieser nimmt den aufgeweckten als Auszubildenden mit – zunächst nach Hamburg später nach Leith einem Vorort von Edinburgh in Schottland . Während seiner kaufmännischen Lehre begleitet der Oncken seinen Lehrherrn auf vielen Reisen nach England den Niederlanden und Frankreich .
In England kommt Oncken unter den erweckter Kreise und kehrt als überzeugter Christ und Buchhändler nach Deutschland zurück. Er seinen Wohnsitz in Hamburg und beginnt hier mit einer Missionstätigkeit Seeleuten und Kindern aus sozial schwachen Familien. gründet er mit einem evangelischen Pastor die genannte Sonntagsschule um die ärmsten Kinder sowohl im Glauben als auch im Lesen und Schreiben unterrichten. Diese Sonntagschule wird zur Keimzelle des und der von Johann Heinrich Wichern begründeten Inneren Mission .
Durch das intensive Studium der Bibel in Oncken die Einsicht dass eine christliche nur aus solchen bestehen kann die sich für ein Leben in der Nachfolge Jesu entschieden haben und sich aufgrund dieser Entscheidung lassen. Eine Bindung der Kirche an den die so genannte Ehe von Thron und hält er fortan für unbiblisch.
1834 lässt Oncken sich mit sechs weiteren vom amerikanischen Baptistenpastor Barnas Sears in der Elbe bei Hamburg taufen. Im Anschluss an Taufe wird die erste deutsche Baptistengemeinde gegründet Oncken als ihr Ältester und Prediger berufen. der Folgezeit entwickelt Oncken von Hamburg aus große Missionstätigkeit. Fast alle europäischen Baptistenkirchen haben der Pionierarbeit Onckens ihre Wurzeln. Besonders stark sich die Baptistengemeinden im osteuropäischen Raum wo evangelisch und baptistisch häufig identische Begriffe sind.
Ein besonderer Freudentag für Oncken war am 20. Juli 1856 vollzogene Gründung einer selbständigen Baptistengemeinde in Geburtsstadt Varel .
Ehrengrab Onckens auf dem Ohlsdorfer Friedhof in
Oncken starb am 2. Januar 1884 in Zürich . Vier seiner acht Kinder waren ihm frühesten Alter vorangegangen. Seine Grabstätte heute als Ehrenmal gepflegt findet sich auf dem Ohlsdorfer in Hamburg . Seine Heimatstadt Varel nennt ihn „einen ihrer bedeutendsten Söhne“ (Wilhelm Kuck Die Straßen von Varel und ihre Geschichte Varel 1991 S. 81)