Johann III. wurde als ältester Sohn Emanuel I. (Manuel) und dessen zweiter Gemahlin Maria von geboren. Nach dem Tode seines Vaters bestieg 1521 den portugiesischen Thron.
Johann III. ging als der König die portugiesische Geschichte ein der die Inquisition ins Land holte. Bereits sein Vater ja 1496 dem Beispiel der Katholischen Könige in Spanien folgend die Juden aus Portugal vertrieben (vgl. Judenverfolgung Antisemitismus) gleichzeitig aber erlaubt dass Juden zum christlichen Glauben übertreten bleiben duften. Es offensichtlich dass viele dieser "Neuen Christen" (Cristãos-Novos) ja nicht freiwillig zum christlichen Glauben übergetreten insgeheim weiterhin ihrer alten Religion anhingen. Johann beauftragte deshalb die Inquisition mit der Untersuchung Glaubenspraktiken der "Neuen Christen". In den nächsten Jahren werden in Portugal 1454 Personen von Inquisition zum Tode verurteilt. 1540 erlaubte Johann auch den Jesuiten sich im Lande niederzulassen.
1524 wird der Dichter Luís de Camões geboren der größte portugiesische Dichter der Nationalepos die Lusiaden (Os Lusitanes) schreibt. 1532 wird die erste dauerhafte Siedlung in Brasilien gegründet 1524 wird auf dem Kongreß von Badajoz portugiesische Anspruch auf Brasilien anerkannt der König große Landgebiete in Brasilien als Lehen (donatárias) und fördert so den Aufbau Landes 1545 wird Salvador da Bahia Hauptstadt Brasiliens. Unter Johann III. wurden Aden Diu Celebes und Maskat erobert. Er verzichtete auf die Philippinen und sicherte dafür die Molukken . 1557 wird Makao die erste portugiesische in Japan gegründet.