Er war einer der Hauptvertreter der Spätbarockarchitektur. Seine böhmische Ausbildung hat ihn mit Möglichkeiten der kurvierten Architektur bekannt gemacht die seinem Werk immer wieder anklingen doch mit spezifisch süddeutsch-bayerischen Tradition in Einklang gebracht werden. allem im Frühwerk ( Osterhofen Ingolstadt ) sind diese Stilmerkmale zu beobachten.
Wiblingen Klosterbau und Pläne für den Kirchenbau allerdings nur in fehlerhaften Kopien überliefert sind).
Die Klosterkirche von Ottobeuren stellt einen Höhepunkt in Fischers Werk dar obgleich er wie öfter in seinem Werk - durch gelegte Fundamente an einen bestimmten recht konventionellen gebunden war. In Wiblingen dagegen war Fischer freier in der Planung was sich in Reihe ungewöhnlicher Ideen niederschlägt.
Das Spätwerk zeigt nur geringe klassizistische (Verhärtung und Sprödigkeit der Formensprache) und stellt insgesamt als konsequente Fortentwicklung dar: Rott am Altomünster Klosterkirchen.
Bestimmend in Fischers Werk sind festgelegte die er ständig neu interpretiert und variiert. den Zentralbau ist an erster Stelle das oder Oktogon mit ungleichen Seiten zu nennen den Längsbau die traditionelle Wandpfeilerkirche süddeutscher Bauart. sind vor allem die Prospektwirkungen die Fischer durch die Kombination unterschiedlicher oft sehr heterogener erzielt. Eine besondere Charaktereigenschaft von Fischer ist sehr tektonisch ausgerichtete Verwendung der Säulen- und Pilasterordnung im Gegensatz zu vielen seiner Zeitgenossen insbesondere Dominikus Zimmermann der die Ordnung viel ornamentaler einsetzt. Säulen und Pilaster scheinen wirklich etwas zu und geben dem Bau Struktur und Festigkeit. durchgehende Gesimse verbindet Fischer häufig die Bogenanfänger Nischen Fenstern und Portalen mit dem Gebälk.
Fast alle Bauten Fischers sind in mit berühmten Ausstattungskünstlern entstanden (Brüder Asam Matthäus Günther Iganz Günther Johann Baptist Johann Michael Feichtmayr Franz Joseph Spiegler Johann Baptist Zimmermann ).