Die junge Infantin fiel schon früh eine ungewöhnlicher Ernsthaftigkeit und ein allgemein introvertiertes auf. Im Zuge einer Allianz mit dem Habsburg wurde sie mit Philipp dem Schönen verlobt den sie 1496 heiratete. Johanna liebte ihren Ehemann mit Heftigkeit und Eifersucht. Zeitweise war sie bestrebt weibliche Wesen aus der Umgebung Philipps zu Aus der Ehe gingen sechs Kinder darunter nochmalige Kaiser hervor:
Als 1497 unerwartet ihr Bruder Johann und 1504 auch ihre Mutter Isabella verstarben wurde gemeinsam mit ihrem Vater und ihrem Ehemann der kastilischen Königswürde .
Nach dem frühen Tod ihres Gatten Jahre 1506 verfiel Johanna dem Wahnsinn. Sie weigerte den Sarg mit Philipps Leiche herauszugeben den regelmäßig öffnete um sich zu vergewissern daß lediglich schlafe.
Schließlich wurde sie ob ihres Zustandes Einsam und verwahrlost starb Johanna im Jahre