Johannes Schmidt studierte Philologie mit den Schwerpunkten Indogermanistik/ Slavistik und promovierte 1865 . Sein Professor und Mentor war August Schleicher der mit ihm auch nach dem zusammenarbeitete und korrespondierte. Nach dem Lehrer-Examen wurde 1866 festangestellter Lehrer am Luisenstädtischen Gymnasium zu Berlin. Nach dem plötzlichem Tod übernahm er 1868 die Verantwortung für dessen Werk Die Deutsche Sprache das er in überarbeiteter Fassung bis 1888 von der 2. bis zur 5. neu herausgab.
1868 wurde er Professor für Deutsch und Slavistik an der Preußischen Rhein-Universität (heute: Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität ) in Bonn wo er 1871 erstmals Seminare über das Altbulgarische (Altkirchenslavische) In der Analyse der Verwandtschaftsverhältnisse der indogermanischen Sprachen begründete er 1872 die Auffassung von der allmählichen räumlichen sprachlicher Neuerungen - kurz Wellentheorie genannt die sich gegen den Lehrsatz Junggrammatiker von der Ausnahmslosigkeit der Lautgesetze richtete. 1873 wurde er für drei Jahre Ordinarius Philologie an der Karl-Franzens-Universität Graz . Danach kehrte er nach Berlin zurück eine Professur an der heutigen Humboldt-Universität und wurde ab 1884 ordentliches Mitglied der Berliner Akademie der
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