Während der Regierungszeit seines Vaters kritisierte dessen Verschwendungssucht und Unterstützung der Inquisition . Als Joseph I. nach dem Tode Vaters 1750 den Thron bestieg berief er deshalb in seinen Beraterkreis die in Opposition zu Vater gestanden hatten darunter den genialen Sebastião de Carvalho e Melo den erster Markgrafen von Pombal .
Joseph I. war ein mittelmäßiger Herrscher an seinen Bauten der Kirche und der als an den Regierungsgeschäften interessiert. Nach seiner vergrößerte der spätere Markgraf von Pombal deshalb seinen politischen Einfluß und stieg zu einer Regierungschef auf.
1755 wird Lissabon von einem schrecklichen Erdbeben zerstört. Der Markgraf von Pombal organisiert Wiederaufbau. Nachdem er so sein organisatorisches Geschick Beweis gestellt hatte wird Pombal 1756 zum ersten Minister und damit zum Regenten Portugals ernannt. Er legt den Grundstein das Eintreten Portugals in die Moderne. Anstelle klerikalen Königreiches setzt der Markgraf einen aufgeklärten Absolutismus . Dies bringt ihm schnell den Widerstand Kirche ein. Die Jesuiten predigen daß das Erdbeben Gottes Strafe die Reformen des Markgrafen sei. Als es 1758 zu einem nie aufgeklärten Attentatsversuch gegen König kommt schlägt Pombal zurück. Die Erziehung laisiert Oppositionspolitiker darunter auch der Herzog von werden exekutiert ein bedeutendes Mitglied der Jesuiten auf dem Scheiterhaufen verbrannt. 1759 werden die Jesuiten in Portugal und Brasilien aufgelöst. Pombal schafft die Sklaverei in Portugal (nicht in Brasilien) ab 1761 ) sämtliche noch bestehende rechtliche Diskriminierungen gegen neuen Christen (also die getauften Juden ) werden aufgehoben die Zensur wird von der Kirche auf den übertragen die Inquisition der Aufsicht des Staates An der Universität wird eine naturwissenschaftliche Fakultät gegründet ein Schulwesen wird geschaffen die Indianer in Brasilien Unter der Oberaufsicht des Fürsten Wilhelm von Schaumburg-Lippe wird das portugiesische Herr reformiert. Der sorgte dafür daß verstärkt portugiesische Siedler in angesiedelt wurden und förderte den Brasilienhandel durch Gründung von Handelsgesellschaften darunter der Ostindischen Kompanie. die Landwirtschaft als auch der Handel erlebten dieser Zeit einen Aufschwung die finanzielle Lage Staates verbesserte sich erheblich das Außenhandelsdefizit mit wird ausgeglichen.
Joseph I. war mit einer spanischen Bourbonenprinzessin verheiratet. Trotzdem war er nicht bereit England den traditionellen Verbündeten Portugals im Stich lassen und dem spanisch-französischen anti-britischen Bündnis beizutreten. Spanische Truppen fielen daraufhin 1762 in Portugal ein Spanien mußte aber 1763 Frieden schließen und Portugal wieder verlassen. letzten drei Jahre seiner Herrschaft führte die die Regentschaft für den erkrankten König.
Joseph I. hinterließ keinen männlichen Erben. König stand deshalb vor der Wahl entweder weibliche Thronfolge zu ermöglichen dann wäre seine Maria ihm auf den Thron gefolgt oder der männlichen Thronfolge festzuhalten dann wäre sein Bruder Peter als nächster in der Thronfolge berufen. Dilemma wurde dadurch gelöst daß Joseph seinen mit seiner Tochter verheiratet. Gemeinsam besteigen sie Maria I. und Peter III. den Thron.