In den Jahren 1900 bis 1913 enstanden seine bekanntesten Gebäude in Wien: Zacherl-Haus ( 1903 - 1905 ) ein Firmengebäude in der Wiener Innenstadt sehr eleganten Formen und ausgestaltet mit Marmor Stahlstiften sowie die Heilig-Geist-Kirche in Wien-Ottakring ( 1910 - 1913 ).
1911 wird er vom Professorenkollegium einstimmig als von Otto Wagner vorgeschlagen. Durch Intervention von Franz Ferdinand wird die Professur jedoch mit Bauer besetzt. Plecnik kann jedoch die Nachfolge Jan Kotera in Prag antreten.
Von 1922 beginnt er mit Vorträgen in Ljubljana jedoch bis 1935 regelmäßig nach Prag zurück. Ab 1925 beginnt er mit der Umgestaltung von Von 1936 bis 1941 errichtete er die National- und Universitätsbibliothek der slowenischen Hauptstadt.