Köbner ist jüdischer Abstammung und wurde 18. Juni 1806 als Sohn eines Rabbiners in Odense / Dänemark geboren. Er erlernte den Beruf eines Kupferstechers . Nach zahlreichen Begegungen mit dem reformierten Lübecker Erweckungsprediger Johannes Geibel wendet sich Köbner Christentum zu und schließt sich 1826 in Hamburg der evangelisch-lutherischen Kirche an. 1835 lernt er die Hamburger Baptistengemeinde kennen. dem Eindruck der Verkündigung Onckens dem Ältesten Pastor der erst ein Jahr zuvor gegründeten läßt er sich 1836 taufen .
Nur wenige Jahre später wird er Baptistenpastor ordniert. Seine Wirkungsorte als Seelsorger sind allem Hamburg Wuppertal - Barmen Kopenhagen und Berlin. Er stirbt am 2. Februar 1884 in Berlin.
1865 dichtet er Das Lied von Gott - ein didaktisches Gedicht in acht mit begründeten Anmerkungen"
Viele weitere Schriften des frühen deutschen Baptismus die meisten von ihnen befassen sich mit Gemeindefragen oder apologetischen Themen - stammen aus Feder.
Viele Schriften Köbners wurden vom Verlag Linde in Tilsit heraus gegeben.