Im Jahr 1325 wurde mit dem Bau am Ostende Pregelinsel Kneiphof (heute Kantinsel ) begonnen. Anfangs war er als Wehrkirche geplant um sich besser gegen die Prussen verteidigen zu können.
1333 schon erfolgte aus ästhetischen Gründen der in eine normale Kirche die zu Verteidigungszwecken war.
Nach einem Brand wurden 1544 die beiden Türme an der Westfassade Während der Südturm erneuert wurde erhielt der ein als Provisorium gedachtes Dach das er behielt.
1804 fand Immanuel Kant an der Nordseite des Doms seine Ruhestätte. Das Grab wurde mehrmals umgebaut und in seiner jetzigen Form stammt es von 1953 / 1954 .
Während des 2. Weltkrieges wurde bei der Bombardierung der Stadt der Dom schwer in Mitleidenschaft gezogen. So das Dach und die Einrichtung zerstört.
Seit 1987 wird der Dom von der russischen Stadtverwaltung mit finanzieller Unterstützung aus Deutschland
Im Turm befinden sich vier Glocken : "Russland" (1180kg) "Alexander Newskij" (700kg) "Peter Große" (580kg) und "Kneiphof" (200kg). Die Glocken zu jeder vollen Stunde die Anfangsmelodie von Ludwig van Beethovens Fünfte Symphonie.
Im Dom befindet sich ein Dommuseum Andachtsräume (orthodox und evangelisch) ein Kulturzentrum ein und die Wallenrodtsche Bibliothek .