Die Gründung der Universität erfolgte im 1585 durch Erzherzog Karl II. von Innerösterreich und wurde im selben Jahr an Societas Jesu übergeben mit dem Ziel allen sozialen eine elitäre Ausbildung angedeihen zu lassen.
Nach der Aufhebung des Jesuitenordens im 1773 wurde die Universität vom Staat übernommen. Das Ziel der Ausbildung war Heranziehen braver Staatsdiener und die Vermittlung ausschließlich verwertbarer Kenntnisse. 1778 wurde die juridische Fakultät gegründet und 1782 erfolgte die Umwandlung der Universität in Lyzeum sowie Schaffung des medizinisch-chirurgischien Studiums.
Die Wiedererrichtung der Universität durch Kaiser Franz II./I. erfolgte 1827 . Nach der Universitätsreform Wilhelm von Humboldts wurde 1848 die Lehr- und Lernfreiheit eingeführt. Die wird Träger der Wissenschaft die Studierenden sollen im Studium in das wissenschaftliche Forschen eingeführt werden durch Wissenschaft"). Es wird eine starke Hochschulautonomie Diese Grundstruktur blieb - abgesehen von der 1938-45 - im wesentlichen bis 1975 erhalten.
Die Universitätsreform von 1975 bringt das der Professorenuniversität und die Mitbestimmung von Assistentinnen Assistenten sowie Studierenden in allen Gremien. Seit der fünfziger Jahre verzehnfachte sich die Zahl Hörer.