Karl IX. war der fünfte Sohn Gustav I. von Schweden und dessen zweiter Gemahlin Margarethe Lejonhufaud. 11. Mai 1579 heiratete er in Heidelberg in erster Maria Christine von der Pfalz die ihn Vater dieser Kinder machte:
Am 27. August 1592 heiratete er in zweiter Ehe Christine Holstein-Gottorp mit der er die folgenden Kinder
Zudem war er Vater des unehelichen Karl Graf von Gyllenhielm.
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