1991 beendete er seine Laufbahn als Nachs seiner aktiven Laufbahn war Augenthaler bis Cotrainer bei Bayern München. Danach wurde er beim Grazer AK bevor er Trainer beim 1. FC Nürnberg wurde und mit dem Club in 1. Bundesliga aufstieg. 2003 wurde er als beim stark abstiegsgefährteten Verein kurz vor dem der Spielzeit beurlaubt um dann kurz darauf Bayer Leverkusen vor dem Abstieg zu retten.