Der Orden der Zisterzienzer entstand 1098 als Reformbewegung bei den Benediktinern. Seine erlebte er unter Bernhard von Clairvaux .
Zwölf Mönche der Abtei Himmerod in Eifel wurden von dem Kölner Erzbischof Philipp Heinzberg ausgesandt. Unter der Führung von Abt sollten sie die Abtei Heisterbach gründen. Am 22. März 1189 kamen sie an und zogen zunächst verlassene Gebäude eines Augustinerordens auf dem Petersberg (früher Stromberg).
1197 verpflichtete sich Abt Gervadus in einem mit Äbtissin Elisabeth von Vilich 15 Malter Weizen zu liefern anstatt den Zehnten das Kloster Vilich zu entrichten.
Es dauerte noch bis 1202 bis der Umzug nach Heisterbach in Tal des heiligen Petrus wie sie es nannten abgeschlossen war der Grundstein der neuen Klosteranlage gelegt werden
Ab 1211 hieß das Kloster Maria im Peterstal Heisterbach. In der Umgangssprache wurde es am Kloster Sankt Peterstal. Später wurde es nur Heisterbach genannt. Dieser Name steht auch über Eingangstor auf einem Wappen.
Am 18. Oktober 1237 wurde die Abteikirche mit einer Länge 88 Metern und einer Breite von 44 fertiggestellt. Damit wurde sie an Größe nur Kölner Dom übertroffen.
1327 war die komplette Klosteranlage fertiggestellt.
1650 wurden die Pontifikalien erworben. Das sind bischöflichen Zeichen Mitra und Stab.
Mit der Säkularisation wurde Heisterbach 1803 aufgehoben. Die bergische Landesregierung bot am 18. Oktober 1804 das Kloster vergeblich zum Verkauf an. Kirche wurde 1809 zum Abbruch an einen französischen Unternehmer Die Steine verwendete man zum Bau des zwischen Venlo und Neuss . Später wurden sie auch bei der Ehrenbreitstein bei Koblenz verwendet. Die restlichen Gebäude kaufte ein Konsortium auf.
Erst 1818 wurden weitere Sprengungen durch eine Verfügung Oberpräsidenten der Rheinprovinz unterbunden so daß die erhalten werden konnte.
Graf zur Lippe-Biesterfeld erwarb 1820 das Gelände und ließ einen englischen Garten anlegen wobei auch die Chorruine einbezogen Ansonsten sind vom alten Kloster nur noch Scheune und das Brauhaus stehengeblieben.
1919 erwarben die Cellitinnen das Gebiet und das klösterliche Leben zurück. Die bisherigen Bewohner Orte Hattenrott Altenrott und Heisterbach wurden ausgewiesen oben auf der Ebene im heutigen Heisterbacherrott Roda) neu angesiedelt.
1984 wurde die Stiftung Abtei Heisterbach gegründet um das Kulturerbe zu pflegen und erforschen .