Im Jahr 1960 verließ Thomas Leipzig (damit war er Jahrhunderten der erste der das Thomaskantorat zugunsten anderen Stelle aufgab) und ging nach Köln wo er bis 1965 die Chorkonzerte des Bachvereins leitete. Seit wirkte er als Professor in Lübeck .
Als Komponist wurde Kurt Thomas vor mit Chorwerken bekannt ( Markuspassion 1927).