Nach dem Mord seines Bruders Udai Hussein an einem der Lieblingsleibwächter und Vorkoster des Vaters im Jahr 1988 fiel die Gunst der Nachfolge auf Hussein und nicht mehr auf seinen älteren Udai der für dieses Verbrechen auch vorübergehend die Schweiz verbannt wurde.
Nach Aussage Abid Hamid Mahmud el-Tikritis früheren Privatsekretärs Saddam Husseins habe dieser sich Udai und Kusai Hussein in den Wochen Ende der Kampfhandlungen im Irak versteckt gehalten sich dann nach Syrien abgesetzt. Die dortigen wiesen sie aber wieder aus so dass sich weiter im Irak versteckt halten mussten.
Auf dem vom der US-Verteidigungsministerium herausgegebenen der meistgesuchten Iraker war Qusai auf der abgebildet (Nr.2). Für einen Tipp auf den wurde eine Belohnung von 15 Millionen US-Dollar Aussicht gestellt.
Am 22. Juli 2003 wurden er und sein Bruder Udai der nordirakischen Stadt Mossul bei einem mehrstündigem Gefecht mit amerikanischen sowie Soldaten der 101. Luftlandedivision getötet. Kurz hatten die Amerikaner einen Hinweis zum Aufenthaltsort Die Soldaten fanden 4 Personen einschließlich der tot auf außerdem drei weitere verwundete Personen.
Nach Medienberichten (z.B. BBC New York Times ) feierten viele Menschen in Bagdad die Nachricht vom Tod der Brüder sie Schüsse in die Luft abfeuerten. Da Nachricht aber trotzdem von vielen Irakern anfangs wurde veröffentlichte das US-Militär zunächst Fotos der und führte später die aufgebahrten und äußerlich Leichen den Kamerateams unabhängiger internationaler Medien vor.
Die positiven Reaktionen auf den Tod Brüder sind vor allem damit zu erklären beide eine grausame Schattenherrschaft neben ihrem Vater Vor allem Udai der ältere der beiden oftmals durch menschenverachtende Partys und willkürliche Ermordungen
Westliche Medien begrüßten ebenfalls den Tod beiden Brüder. George W. Bush sprach von einer "positiven Nachricht".