Louis Botha war sein Leben lang aktiv. 1897 wurde er als Repräsentant der Vryheid Mitglied des Parlaments von Transvaal . Obwohl er sich immer für die von Briten und Buren einsetzte trat er Ausbruch des zweiten Burenkriegs 1899 in die Armee ein. Durch seine Erfolge stieg er schnell in den Rängen 1899 wurde er der Nachfolger von Piet als kommandierender General der Burenarmee. Nach Kriegsende Botha in die Politik zurück.
1910 wurde Louis Botha zum ersten der südafrikanischen Union gewählt. Er hielt diesen bis zu seim Tod 1919.
1911 gründete Botha zusammen mit Jan Christiaan Smuts die South African Party die haupsächlich Befürwortern der Aussöhnung zwischen Briten und Buren Nach dem Eintritt Großbritanniens in den ersten Weltkrieg im August bot er sofort militärische Unterstützung an. Ein eigenen Land unpopulärer Schritt der die Burenrebellion Bei der Verhandlung des Versailler Vertrags trat Louis Botha ohne Erfolg für mit Deutschland ein unterschrieb ihn aber trotzdem.