Innenpolitisch wollte er unter dem Schlagwort Great Society umfassende Sozialreformen (vor allem im Kampf die Armut) setzen die aber meist unfertig
Seine Präsidentschaft wird überschattet vom Krieg Vietnam . Schon unter seinem Vorgänger waren "Berater" US-Militärs in Süd-Vietnam tätig. Durch den Tonkin-Zwischenfall am 2. August 1964 und die anschließende Resolution beider Häuser US-Kongresses erhielt er die Ermächtigung offiziell Truppen entsenden. Dem Krieg persönlich reserviert gegenüberstehend fürchtete doch Schwäche zu zeigen und engagierte sich mehr darin.
Der Krieg fraß nicht nur immer Ressourcen auf die für die Great Society -Programme nötig gewesen wären er schwächte (nicht wegen der zahlreichen Proteste dagegen) auch zunehmend Position als Präsident. Auch in der Dominikanischen Republik wurde militärisch interveniert.
1968 verzichtete er auf eine erneute Kandidatur zulässig gewesen wäre da er weniger als Jahre von Kennedys Präsidentschaft amtiert hatte).