Er erhielt 1967 zusammen mit Ronald George Wreyford Norrish George Porter den Nobelpreis für Chemie . Ausgezeichnet wurden sie für ihre Studien extrem schnell ablaufende chemische Reaktionen .
Eigens Name ist überdies mit der des Hyperzyklus verknüpft der zyklischen Verknüpfung von als Erklärung für die Selbstorganisation von präbiotischen Systemen die er zusammen Peter Schuster im Jahre 1979 beschrieb.
Manfred Eigen Peter Schuster: The Hypercycle - Principle of Natural Self-Organization Springer-Verlag Berlin 1979
Manfred Eigen: Molekulare Selbstorganisation und Evolution (Self organization of matter and the of biological macro molecules.) Naturwissenschaften 58 (10). 465-523