Nach dem Abitur 1955 in Greifswald begann Stolpe ein Studium der Rechtswissenschaft in Jena welches er 1959 mit dem Staatsexamen beendete. Von 1959 bis zum Mauerbau 1961 war dann noch Gaststudent an der Universität Berlin. Von 1959 bis 1969 war er bei der Evangelischen Kirche Brandenburg tätig ab 1962 als Leiter der Geschäftsstelle der Evangelischen in der DDR . Von 1969 bis 1981 war er dann Leiter des Sekretariats Bundes der Evangelischen Kirchen in der DDR. 1981 war er dann Konsistorialpräsident der Ostregion Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg. Von 1982 bis 1989 war er zusätzlich stellvertretender Vorsitzender des der Evangelischen Kirchen in der DDR.
Stolpe wurde vom Ministerium für Staatssicherheit der DDR als Inoffizieller Mitarbeiter (IM) dem Decknamen "Sekretär" geführt. Da keine handschriftliche Stolpes zur Spitzeltätigkeit aktenkundig ist blieben Rücktrittsforderungen Stolpe behauptet im Sinne der Kirchenmitglieder mit Ministerium für Staatssicherheit gesprochen zu haben Kritiker meinen er habe Kircheninterna und Informationen aus der DDR- Opposition verraten.
In seiner Position als Bundesverkehrsminister ist Name von Manfred Stolpe eng mit der Einführung einer Lkw-Maut in Deutschland zum 31. August 2003 verbunden. Zwar wurden die umstrittenen Verträge von seinem Vorgänger Kurt Bodewig ausgehandelt und unterzeichnet doch wird Stolpe mehreren Seiten ein unverständlich nachsichtiges Verhalten gegenüber Vertragspartner Toll Collect vorgeworfen. Die CDU fordert im Zusammenhang mit der gescheiterten seit Herbst 2003 seinen Rücktritt als Bundesminister.