Er lernte das Kupferstechen in Zürich studierte und arbeitete in Straßburg Paris und Nancy und ging 1615 wieder nach Basel. Jahr darauf zog er nach Frankfurt am Main wo er für den Verleger Johann de Bry arbeitete. Im Jahre 1617 heiratete de Brys Tochter Maria Magdalena mit der 1620 nach Basel zog. Drei Jahre später sie wieder zurück nach Frankfurt. Merian übernahm Verlag seines Schwiegervaters nach dessem Tode 1623. wurde 1626 ein Stadtbürger Frankfurts und konnte als unabhängiger Verleger arbeiten. 1645 starb seine 1646 heiratete Merian Johanna Sybilla Heim. 1647 seine Tochter Anna Maria Sibylla Merian geboren. Nach langer Krankheit starb er in Bad Schwalbach bei Wiesbaden.
Merian arbeitete die meisten Jahre seines in Frankfurt und ist vor allem wegen von ihm gestochenen und herausgegebenen Stadtansichten und bekannt. Mit Martin Zeiler (1589 - 1661) er eine Reihe von Topografien sein Hauptwerk Topographia Germaniae eine mehrbändige Sammlung von über 2000 und -beschreibungen. Sein Werk wurde von seinem Matthäus d.J. fortgeführt. Seine Werke enthalten eine Anzahl Stadtpläne sowie Karten vieler Länder und Weltkarte. Diese sehr beliebten Karten wurden vielfach
Merian übernahm ebenfalls die Ausgaben der und Kleinen Reisen welche Theodor de Bry angefangen hatte.
Die Werke Merians dienten Erik Dahlberg direkte Inspriration für die Suecia Antiqua et Hodierna .
Die Familie Merian blieb weiterhin als tätig.
Das deutsche Reisemagazin "Merian" ist nach Merian benannt.