Heiratete 1611 seine Cousine Anna . Das Paar blieb bis zu ihrem kinderlos.
Sein Kanzler war seit 1599 Melchior Khlesl Bischof von Wien ein wesentlicher Förderer der Gegenreformation . Nach der Kaiserwahl Matthias' wurde den Reichsständen gegenüber allerdings eine eher konziliante Politik
Er entdeckte den Brunnen im Gebiet heutigen Schloss Schönbrunn und wurde durch seinen Ausruf "Ei schöner Brunn´ !" der Namensgeber des heutigen