Im Römischen Reich war die Stadt unter dem Namen Emerita Augusta Hauptstadt der Provinz Lusitania . Sie wurde im Jahre 25 v. Chr. von Kaiser Augustus als Kolonie für Legionäre im Ruhestand gegründet. Im Laufe der wurden zahlreiche repräsentative Gebäude errichtet: Theater Amphitheater Circus Tempel Brücken und Aquädukte . Über Jahrhunderte bis zum Untergang des Reichs war Mérida ein wichtiges wirtschaftliches militärisches kulturelles Zentrum.
Später musste Mérida mehreren Einfällen der Vandalen standhalten bis die Westgoten es zur Hauptstadt ihres Königreichs machten. wurde im 6. und 7. Jahrhundert ein Gebiet das fast das gesamte Spanien und Portugal umfasste von Mérida aus
Im 6. Jahrhundert verbreitete sich das stark in der Bevölkerung vor allem der Bischof Mausona trug dazu bei. Aus dem Volksglauben Zeit stammt beispielsweise die Märtyrerin Santa Eulalia die Schutzheilige der Stadt.
Im Jahr 713 eroberten die Araber unter Muza die Stadt und verwüsteten sie. Auch islamischer Herrschaft blieb Mérida Bischofssitz bis dieser 1119 nach Santiago de Compostela verlegt wurde.
1230 eroberten die christlichen Truppen unter Alfons von León Mérida im Zuge der Reconquista .
Im 20. Jahrhundert wurde Mérida ein Knotenpunkt der Eisenbahn und Zentrum der Industrie . Allerdings stieg auch das internationale Interesse Archäologie an den zahlreichen erhaltenen antiken Bauwerken Stadt.
Nach der Demokratisierung Spaniens in den 70er Jahren wurde beschlossen die Stadt angesichts ihrer Bedeutung und ihrer zentralen Lage zur Hauptstadt Autonomen Region Extremadura zu machen.