Er studierte Biologie und Zoologie an der Universität Wien und war von 1975 bis 1983 wissenschaftlicher Mitarbeiter im Wiener Naturhistorischen Museum.
Häupl ist stellvertretender Bundesparteivorsitzender der SPÖ gilt als einer der wichtigsten parteiinternen Unterstützer amtierenden Vorsitzenden Alfred Gusenbauer.
Er ist verheiratet mit Helga Häupl hat zwei Kinder.