Die Blüten sind in der Regel getrenntgeschlechtlich und nur aus Staubblättern bzw. Fruchtblättern. Häufig sind in Zapfen zusammengefasst. Bei Ginkgopflanzen (Gingkophyta) und Palmfarnen (Cycadophyta) gibt es ähnlich wie bei Algen begeißelte Spermien ; bei den anderen Gruppen wächst der zur Eizelle und entlässt dort einen Gametenkern der Eizelle befruchtet.
Die Nacktsamer zu denen traditionell die Palmfarne (Cycadophyta) Ginkgopflanzen (Ginkgophyta) Welwitschie Nadelholzgewächse (Coniferophyta) und Gnetophyta zählen gelten heute nicht mehr als Gruppe da sie nicht alle Nachkommen ihres Vorfahrens umfassen. So sind z. B. die enger mit den Blütenpflanzen (Magnoliophyta) verwandt als mit den anderen