Das Gebiet beheimatet etwa 3.200 Arten ca. 250 Arten ausschließlich in den Salzwiesen des Wattenmeeres vorkommen. Das Gebiet des ist das vogelreichste Gebiet Mitteleuropas. Über 2 Zugvögel auf dem Ostatlantischen Zugweg nutzen das zur Rest etwa 100 000 Paare brüten Park. Schollen Seezungen und Heringe ziehen ihre Kinder im Gebiet auf leben hier Seehunde Schweinswale und Kegelrobben .
Es ist in 3 Zonen aufgeteilt verschiedenen Schutzstufen entsprechen. Zone 1 bildet dabei strengste Schutzstufe. Sie umfasst größtenteils die Gebiete Seehundsbänke die Brutkolonien vom Aussterben bedrohter Seevogelarten an denen sich Massen von Zugvögeln mausern geomorphologisch bedeutsame Gebiete mit nahezu natürlichen Oberflächenstrukturen. Zone 1 sind Wattwanderungen Radwanderungen Reiten und Kutschfahrten nur auf ausgewiesenen Wegen die Jagd ist gänzlich verboten. Südlich des Hindenburgdamms auf der Landseite Sylts ist innerhalb der Schutzzone 1 eine Nutzung vollkommen ausgeschlossen. Zone 2 bildet eine genannte "Pufferzone" um die Zone 1 herum 3 bildet die übrige Fläche des Nationalparks.
Erste Forderungen das Wattenmeer zu schützen es seit den 1960er Jahren. 1963 erhob die Schutzstation Wattenmeer Forderung ab 1969 auch der Landesjagdverband.
Der Park wurde 1985 als dritter in Deutschland gegründet. 1986 zogen Niedersachsen und 1991 Hamburg nach. Das zugrunde Gesetz wurde am 17. Dezember 1999 wesentlich geändert.
Der Park wird seit Mai 1999 in Kooperation mit Naturschutzverbänden von einem Nationalparkservice betreut der ca. 20 festangestellte Mitarbeiter Gesellschafter des Nationalparkservice sind das Land Schleswig-Holstein die Landkreise Dithmarschen und Nordfriesland der WWF NABU Verein Jordsand Schutzstation Wattenmeer und der der Wattführer (Verein de Wattenlöpers).
Seit Einrichtung des Nationalparks wurden unter die Planungen für ein Atomkraftwerk auf den Sandbänken vor der Hallig Hooge gestoppt im militärischen Testgebiet der Meldorfer werden seitdem weder Bomben noch Napalm getestet diverse Eindeichungen fielen kleiner aus geplant ebenso wie der Damm zwischen Pellworm und dem Festland nicht gebaut wurde.
Der Nationalpark soll unter anderem der dienen. Dazu sind neben zahlreichen Informationstafeln vor die Seehundsstaion in Friedrichskoog und das Multimar in Tönning eingerichtet.
Seine größte Gefährdung erlebte der Park 25. Oktober 1998 bei der Havarie des Frachtschiff Pallas vor Amrum bei der 600 Tonnen in die Nordsee liefen.
Der Park soll zum Weltnaturerbe der UNESCO erklärt werden dies trifft vor Ort auf erhebliche Widerstände. Laut einer repräsentativen Befragung dem Jahr 2000 fühlen sich 15% der Dithmarschens und Nordfrieslands durch die Existenz des persönlich eingeschränkt. Diese 15% bemängeln vor allem eingeschränkte Bewegungsfreiheit die Beschränkung der Fischerei und bemängeln "die Natur wird kaputt Befragungen von Touristen im Gebiet ergeben aber ebenfalls dass zum allergrößten Teil (70-90%) die Existenz des befürworten.
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