Nikolai studierte ab 1857 Theologie in St. Petersburg . 1860 wurde er Mönch und noch im Jahr auch Priester. Bereits während seiner Studienzeit er sich auf einen Aufruf hin gemeldet dem für die Kapelle des russischen Konsulats Hakodate ein Priester für die dort stationierten gesucht wurde. 1861 reiste er nach Japan begann aber Hakodate - entgegen den Wünschen des Konsuls im Alleingang mit der Missionierung der einheimischen Danach ging er nach Tokio wo das Bistum der orthodoxen Kirche in Japan gegründet
Er blieb danach ständig in Japan. während des Russisch-Japanischen Krieges ( 1904 - 1905 ) lag seine Loyalität eher bei den Christen als beim russischen Staat.
Nikolai von Japan übersetzte das Neue Testament Teile des Alten Testaments und die Texte der orthodoxen Liturgie ins Japanische. Bei seinem Tod 1912 die orthodoxe Kirche in Japan etwa 30.000 heute ist sie ungefähr ebenso groß.
1970 wurde er als Nikolai Erleuchter von Japan von der russischen orthodoxen Kirche heilig