1994 wurde die Kommission der Orthodoxen Kirche in Deutschland geschaffen die die Gesamtheit der orthodoxen in Deutschland vertritt. Die Kommission befasst sich Zusammenarbeit in der Pastoral- und Jugendarbeit bezüglich und Bildungseinrichtungen und gegenseitige Unterrichtung der Mitgliedskirchen. vertritt die orthodoxen Kirchen im ökumenischen sozialen kulturellen Bereich gegenüber dem Staat und gegenüber Kirchen.
Die Kommission ist ein synodales Gremium dem die kanonischen Rechte der einzelnen Mitgliedskirchen gesichert sind dass der jeweils zuständige Diözesanbischof Beschlüssen ein Veto für seine Kirche einlegen Erfolgt kein solches Veto sind die Beschlüsse alle Mitgliedsdiözesen bindend.
Die orthodoxen Kirchen arbeiten seit 1974 der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen in Deutschland (ACK) mit. Die kanonischen östlich-orthodoxen Kirchen über die KOKiD vertreten die altorientalischen Kirchen sind jede für sich Vollmitglied. Die Kirchen stellen eines der fünf Mitglieder des und arbeiten auch in der ökumenischen Zentrale der theologischen Kommission mit. Ebenso sind die Kirchen an den regionalen und lokalen Arbeitsgemeinschaften ACK beteiligt.
Daneben gibt es bilaterale Beziehungen zur Bischofskonferenz und zur EKD mit Diskussionen über theologische Fragen und Zusammenarbeit.
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