Waalkes' Humor beruht auf Wortspielen Albernheiten und umgetexteten bekannten Songs. Waalkes bisweilen derb verwendet Kalauer und vordergründig politische Anspielungen. Kennzeichnend ist er Späße in Ankündigungen von Liedern einbaut er dann nie spielt.
Mehr als andere Unterhaltungskünstler hat Waalkes allgemeinen Sprachgebrauch beeinflusst vor allem in den Jahren als er überwiegend Texte der Neuen Frankfurter Schule verwendete. So geht der Ausspruch "Hast mal 'ne Zigarette? Meine sind noch im auf ihn zurück ebenso wie die beliebte auf die Frage "Fällt dir was auf": hast 'ne Gasmaske auf".
Seine bekannteste Cartoonfigur ist der Ottifant.
Er ist in zweiter Ehe mit Schauspielerin Eva Haßmann verheiratet. Mit seiner ersten Manou hat er ein Kind.