In seiner im 16. Jh. geschriebenen der Fresen" nennt der ostfriesische Rat Eggerik die Papenburg. Dieses ist das erste Mal die Papenburg in der geschichtlichen Überlieferung erwähnt
Im Jahre 1458 bekennt Hayo von gen. von der Papenborch Propst zu Leer Bischof Johann von Münster mit der Papenburg Zubehör belehnt worden zu sein. Der darüber Lehnrevers enthält die älteste überprüfbare urkundliche Erwähnung
Am 02. Dezember 1630 kauft der Dietrich von Velen von Friedrich von Schwarzenberg Lehngut samt Zubehör für 1.500 - Reichstaler in dem vom Moor umgebenen Gebiet eine zu errichten.
Am 04. April 1631 belehnt Bischof von Münster seinen Drosten Dietrich von Velen dessen Nachkommen mit Burg und Gut Papenburg. Jahr gilt im Allgemeinen als Gründungsjahr der Stadt Papenburg.
Am 07. Februar 1657 belehnt Bischof Bernhard von Münster Dietrich von Velen mit Befugnissen und stattet das Gut Papenburg mit Rechten einer Herrlichkeit aus.
Am 07. Dezember 1680 stiften Hermann von Velen und seine Ehefrau Margaretha Anna von Galen die älteste Pfarrkirche in Papenburg weihen sie dem hl. Antonius als Schutzpatron.
Im Jahre 1806 bitten Papenburger Schiffsreeder Führung des Patrimonialrichters Godfried Bueren den Herzog Arenberg die Herrlichkeit aus der herzoglichen Landeshoheit die Unabhängigkeit zu entlassen. Diesem Wunsch wird entsprochen.
Am 17. Mai 1833 erhält Papenburg neue Verfassung die jedoch den Reformwünschen nicht da sie dem Ort nur den Status Fleckens einräumt.
Am 30. März 1853 werden die Rechte der Familie von Landsberg-Velen an Papenburg der Gemeinde für 100.000 - Reichstaler gekauft. Herrlichkeit Papenburg ist erloschen.
Am 01. August 1860 genehmigt das hannoversche Innenministerium die Annahme der Städteordnung von Damit wird Papenburg eine Stadt .
Am 01. Januar 1973 wird die Aschendorf von der Stadt Papenburg eingemeindet.