Peter II. wurde als vierter Sohn Johann IV. von Portugal und dessen Gemahlin Luisa geboren. Als jüngerer Sohn war er eigentlich zur Thronfolge berufen und so bestieg nach Tode seines Vaters 1656 zunächst auch sein älterer Bruder Alfons VI. den portugiesischen Thron. Dieser war jedoch und geistig behindert und deshalb nur schwer der Lage die Regierung über das Land führen. 1666 heiratete sein Bruder Maria Francisca Elisabeth von Savoyen Gräfin von Nemours. Peter verliebte sich die Frau seines Bruders. Er verbündete sich ihr und gemeinsam zwangen sie Alfons VI. Dokument zu unterschreiben nachdem dieser auf die seiner Herrschaft verzichtet. Alfons VI. lebte bis Ende seines Lebens in Gefangenschaft. Peter wurde der Cortes zum Regenten bestimmt und bestieg nach Tode seines Bruders im Jahre 1683 als II. selbst den portugiesischen Thron.
Während der Regierung Peter II. wird Wirtschaft des Landes nach merkantilistischen Maßstäben umorganisiert (Reformen des dritten Grafen Ericeira) und ein weitreichender Handelsvertrag mit England geschlossen ( 1668 ). Nach diesem Vertrag bekamen englische Produkte in Portugal im Ausgleich für englische Zollpräferenzen portugiesischen Wein. Im Methuenvertrag von 1703 wurde England schließlich die zollfreie Einfuhr Textilien und Manufakturwaren erlaubt Portugal bezahlte dafür dem Gold und den Diamanten Brasiliens . Dieser Vertrag der bis 1842 in Kraft blieb trug dazu bei Portugal wirtschaftlich von England abhängig wurde und das Land von billigen britischen Produkten überschwemmt keine eigene Industrialisierung durchführte.
1669 traten die Cortes zum letzten zusammen. Die nachfolgenden absolutistischen Könige riefen die Ständeversammlung nicht mehr ein. Erst nach der Revolution von 1820 sollten die Cortes wieder
Peter II. war zweimal verheiratet. In Ehe heiratete er 1668 Maria Francisca Elisabeth von Savoyen (* 22. Juni 1646 - † 27. Dezember 1683 ) die geschiedene Frau seines älteren Bruders. ihr hatte er eine Tochter