Bei der Landtagswahl 1999 erreichte die CDU ein Ergebnis von 5 % der Stimmen. Die SPD hatte ihre absolute Mehrheit verloren und 44 4 % der Stimmen. Da aber die Grünen als auch die FDP an der Fünf-Prozent-Hürde gescheitert waren konnte Müller eine CDU-Alleinregierung und ist seit September 1999 Ministerpräsident des
Er steht der informellen parteiinternen Gruppe " Jungen Wilden " nahe.
Großes Konfliktpotential bereitet Peter Müller der Bergbau . So hat Ministerpräsident Müller die Wahl unter anderem mit der Botschaft den Steinkohlebergbau der Saar zu beenden gewonnen.
2003 erhält Peter Müller in Berlin die Ministerpräsident des Jahres da sich das Saarland in den Jahren 2000 bis 2002 nach der Studie der "Initiative Neue Marktwirtschaft" und der "Wirtschaftswoche" in der Wirtschaftsentwicklung dynamischste aller Bundesländer war.