Achtung schuf sich Petrus Kanisius durch liebenswürdige Art die ihn nie von Ketzern Irrlehren sprechen ließ sondern einfühlsam von "neuen und "neuen Lehren". Kirchliche Missstände prangerte er scharf und deutlich an. Sein Katechismus als Antwort auf den Martin Luthers wurde allein bis zu seinem Tode 200 nachgedruckt.
In seinen letzten Lebensjahren gründete er 1580 im Schweizer Fribourg ein Kolleg das später nach Feldkirch und schließlich nach St. Blasien im Schwarzwald verlegt wurde. Nach seinem Tod wurde in der Fribourger Universitätskirche St. Michael beigesetzt.