Nachdem seine zweite Frau Maria Tudor 1558 kinderlos gestorben war machte Philipp ihrer Schwester Elisabeth I. von England Avancen doch sein Plan schlug wegen ganzen Reihe von Gründen fehl. Philipp glaubte dass sein Sohn Don Carlos gegen ihn intrigierte und ließ ihn verhaften. Als der nur kurze Zeit später starb klagten Philipps ihn an den Mord an seinem eigenen in Auftrag gegeben zu haben.
Während Philipps Regentschaft wurden die philippinischen Inseln erobert und nach ihm benannt außerdem eine nordamerikanische Kolonie in Florida etabliert. Seine Herrschaft war jedoch durch Instabilitäten gekennzeichnet und durch eine drohende muslimische Invasion bedroht. Auch der Konflikt mit und den Niederlanden wuchs beständig an. Die Republik der Sieben Vereinigten Niederlande dem Nachfolger der Utrechter Union von 1579 erklärte sich 1581 unabhängig vom spanischen König. Währenddessen erbte den portugiesischen Thron und seine Erfolge während Kolonisation Amerikas verbesserten seine finanzielle Situation was ihm größeren Druck auf seine Feinde aufzuüben. Die der schottischen Königin Maria Stuart gab ihm die Rechtfertigung für eine Englands durch die Spanische Armada die von den besser bewaffneteren und englischen Schiffen unter der Führung von Sir Francis Drake 1588 besiegt wurde. Das ungünstige Wetter half Engländern sicherlich auch.
Phillip ist in die Geschichte als "düstere König" eingegangen. Er residierte mitten in Einöde des kastilischen Hochlandes in seiner Gründung Kloster San Lorenzo de El Escorial wo in pedantischer Einförmigkeit dahinlebte. Er trug immer aß jeden Tag pünktlich dieselben Speisen und jeden Tag dieselbe Ausfahrt durch die einförmige In seinen späteren Lebensjahren verlies er sein nur mehr um die Messe zu hören. verkörperte das Ideal der undurchdringlichen Ruhe und wie kein anderer: nie soll er gelacht und weder bei der Nachricht seines größten (der Seeschlacht von Lepanto ) noch bei der seiner größten Niederlage Debakel der Armada ) auch nur eine Mine verzogen haben.
Er umgab sich mit einem undurchdringlichen nur die allerhöchsten Granden hatten Zutritt zu und das oft nur nach monatelanger Wartezeit. sprach soviel mit ihnen wie gerade notwendig: Befehle erteilte er in kryptischen Halbsätzen die erst deuten musste. Durch diese Unnahbarkeit galt fast schon als eine Art Gottheit ein Mönchskönig.
Legendär ist auch sein Bürokratismus: jedes so kleine Detail in seinem Weltreich musste ihm persönlich entschieden werden was die Verwaltung Reiches natürlich unglaublich schwerfällig machte. Dazu kam gewisser Hang zum Verfolgungswahn hinzu: er misstraute auch und gerade jenen die sich für spanische Reich Verdienste erworben hatten. Es liegt auf der Hand das dies sich mit weltumspannenden Plänen von einer katholischen Universalmonarchie überhaupt vertrug. Am Ende seines Lebens musste er Aufstieg all derer zusehen die er erbittert hatte vor allem England unter Elisabeth I. .