Zum 50. Jahrestag der November pogrome von 1938 - der sogenannten Reichskristallnacht am 9. November 1988 hielt er einer Gedenkstunde des Deutschen Bundestages eine Rede versuchte die Ursachen der Begeisterung der Deutschen den Nationalsozialismus zu erklären.
Seine Rede trug er wie er später selbst einräumte insoweit falsch vor dass von Sprechlage und Betonung der Eindruck entstehen Jenninger würde sich nicht ausreichend vom nationalsozialistischen distanzieren. Nach erheblichen Protesten trat er zwei später zurück und kandidierte bei den Bundestagswahlen 1990 nicht wieder für ein Mandat.
Ein paar Jahre später hielt Ignatz Bubis gezielt Jenningers Rede im Wortlaut und hierfür viel Applaus. Erst hiernach erklärte er der Autor dieses Textes war. Bubis machte deutlich dass die Rede Jenningers nicht inhaltlich war sondern nur wenig überzeugend vorgetragen wurde.