Die Geschichte des Regierungsbezirks Lüneburg geht auf das Jahr 1885 zurück als das 1866 preußisch gewordene Königreich Hannover als nunmehr preußische Provinz Hannover Regierungsbezirke eingeteilt wurde. Vorbild waren die bereits anderen preußischen Provinzen 1815/16 errichteten Regierungsbezirke. Damals auch der Regierungsbezirk Lüneburg.
1978 wurde der Regierungsbezirk Lüneburg um Gebiet des aufgelösten Regierungsbezirks Stade vergrößert. Er gab jedoch auch Gebiete den Regierungsbezirk Braunschweig ab.
Bis zum 31. Dezember 2004 ist Auflösung der Bezirksregierung Lüneburg - wie auch übrigen drei niedersächsischen Bezirksregierungen - vorgesehen.
Vor der Neugliederung der Regierungsbezirke bzw. der Kreisreform umfasste der Regierungsbezirk Lüneburg die kreisfreien Städte Celle und Lüneburg sowie die Landkreise Burgdorf Celle Dannenberg Gifhorn Harburg Lüneburg Soltau und Uelzen.
Bei der Kreisreform die in Niedersachsen im Wesentlichen zwischen 1973 und 1977 durchgeführt wurde wurden die Kreise zu Verwaltungseinheiten zusammen geschlossen und die beiden Stadtkreise die Landkreise integriert. Einige der heutigen Landkreise bereits vor der Kreisreform. Sie hatten jedoch noch einen anderen Zuschnitt. Nach Zuordnung des Stade sowie Abgabe des Kreises Gifhorn an Regierungsbezirk Braunschweig umfasst der Regierungsbezirk Lüneburg die genannten 11 Landkreise.