1990 war er Mitglied der ersten freigewählten Volkskammer der DDR und amtierte dort als deren Vizepräsident. ist seit den Landtagswahlen 1990 Mitglied des Landtages von Sachsen-Anhalt. Hier wurde er sogleich Vorsitzenden der SPD- Fraktion gewählt.
Höppner war insgesamt viermal Spitzenkandidat seiner Partei in Sachsen-Anhalt.
Bei den Landtagswahlen 1990 lag die mit 26 0 % deutlich hinter der CDU die auf 39 0 % der kam und mit der FDP (13 5 %) eine Koalition bildete.
Nachdem bei den Landtagswahlen 1994 die FDP mit 3 6 % (-9 9%) dem Landtag ausgeschieden war gab es für bisherigen Ministerpräsidenten Christoph Bergner keine regierungsfähige Mehrheit mehr da die auf 34 4 % (-4 6 %) die SPD auf 34 0 (+8 0%) Höppner bildete dann eine Koalition mit den Grünen die aber ebenfalls keine eigene Mehrheit und daher der Tolerierung durch die PDS bedurfte. Er wurde daraufhin zum Ministerpräsidenten
Bei den Landtagswahlen 1998 scheiterten die Grünen an der Fünf-Prozent-Hürde . Höppner bildete nun eine von der tolerierte SPD-Alleinregierung.
Die SPD wurde mit 35 9 (+1 9%) erstmals stärkste Fraktion während die mit 22 0 % (-12 4 %) Verluste einstecken musste.
Bei den Landtagswahlen 2002 ergaben sich erneut dramatische Verschiebungen diesmal Lasten der SPD die mit 20 0 Verluste in Höhe von 15 9 % während die CDU im annähernd gleichen Umfang 3%) zulegte und die FDP auf 13 % der Stimmen kam.