Insgesamt 2 900 Kilometer lang ist Rio São Francisco in seinem Mittellauf auf Strecke von 1 368 Kilometern schiffbar. In Nähe der Grenze zum Bundesstaat Bahia befinden die Stromschnellen von Pirapóra und dort wo Fluss das Küstengebirges durchbricht die Paulo-Alfonso-Fälle (Cachoeira Paulo Afonso). Dadurch ist der Unterlauf nicht