1947 wurde er in Hannover Gründer und Herausgeber des Nachrichtenmagazins "Der Spiegel" . Dieses später nach Hamburg umgezogene Magazin deckte zahlreiche bundesdeutsche Skandale den 50er und 60er Jahren auf und wurde daraufhin "Sturmgeschütz der genannt. Wegen des Beitrages "Bedingt abwehrbereit" der " Spiegel-Affäre " auslöste wurde er am 26. Oktober 1962 verhaftet; diese Affäre zwang aber schließlich damaligen Verteidigungsminister Franz Josef Strauß zum Rücktritt.
Für seine verdienstvolle Tätigkeit wurde er 2000 von 101 deutschen Journalisten zum "Journalisten Jahrhunderts" gewählt.
Rudolf Augstein starb am 7. November 2002 an den Folgen einer Lungenentzündung . Er wurde am 19. November in Keitum auf Sylt beerdigt (Sylt und sein Wohnhaus in waren der bevorzugte Urlaubsort von Rudolf Augstein.)
Seine Kinder Franziska Augstein und Jakob sind Redakteure bei der Süddeutschen Zeitung .