Sein Lebenslauf ist nicht sicher belegt stützt sich in erster Linie auf seine durchaus wedersprüchlichen Angaben. So war er von 1897 bis 1900 als Techniker in Ägypten unterwegs. Von 1901 bis 1914 hielt er sich in der Türkei auf. Dort wurde er angeblich von Baron Heinrich von Sebottendorf adoptiert. Unter der eines jüdischen Kaufmanns namens Termudi sei er Meister der Rosenkreuzer aufgestiegen. Darüber hinaus beschäftigte er sich dem Sufismus und der Theosophie -Lehre von Helena Blavatsky . Er erwarb die türkische Staatsbürgerschaft und während der Balkankriege von 1912 und 1913 den türkischen Roten Halbmond . Spätestens 1917 kehrte er mit großen Geldmitteln deren unklar bleibt nach Deutschland zurück. Er trat völkischen Germanenorden bei und erhielt den Auftrag bayerischen Ableger des Ordens aufzubauen. Diesen gründet 1918 mit der stramm antisemitisch ausgerichteten Thule-Gesellschaft in München . Zu den Mitgliedern zählten mehrere Personen später auch in der NSDAP bzw. in deren Vorfeld eine wichtigere spielten. So zum Beispiel Dietrich Eckart Gottfried Feder Rudolf Heß und Alfred Rosenberg . Hitler trat 1920 mit der Thule-Gesellschaft in Kontakt. Ob ein reguläres Mitglied wurde ist zweifelhaft. Er aber zu mehreren Vorträgen als Gast der im Hotel Vier Jahreszeiten anwesend.
Im Juli 1918 übernahm Sebottendorf die Zeitung "Münchner Beobachter" der Franz Eher Nachfolger Verlags GmBH und sich selbst zum Chefredakteur. Er nutzte das um ein jugendliches Publikum gezielt mit seiner anzusprechen. Bereits im August 1918 wurde das in " Völkischer Beobachter " umbenannt.
Als im November 1918 die Münchner Räterepublik ausgerufen wurde zählte die Thule-Gesellschaft ungefähr Mitglieder. Sebottendorf gründete aus diesem Kreis einen der Waffen beschaffte und sich an den gegen die vermeintlichen "jüdischen Verschwörer" um Kurt Eisner beteiligt.
Über Sebottendorfs Lebenslauf in den Jahren 1919 bis 1933 ist nichts genaues bekannt. Angeblich floh bereits 1919 aus München in die Türkei.
Sebottendorf veröffentlichte 1933 sein Buch "Bevor kam" das allerdings verboten wurde. 1934 verließ er Deutschland um sich wieder der Türkei niederzulassen. 1942 bis 1945 soll er in Istanbul sowohl für die deutsche Abwehr als den britischen Geheimdienst gearbeitet haben. Direkt nach deutschen Kapitulation wurde seine Leiche im Bospurus Die Todesursache war unklar offiziell geht man Selbstmord aus.