Die Örtlichkeit war mindestens seit der Bronzezeit besiedelt. Ab dem 3. Jahrhundert gründeten Alemannen später auch zuziehende Franken mehrere Dörfer darunter die kleine Siedlung Salmannsweiler .
Hier gründete 1137 der Orden der Zisterzienser ein Kloster das sich an Anlehnung Jerusalem den Namen Salem gab. Es wurde schnell in den eines königlichen Klosters erhoben und gewann 1177 noch größere Unabhängigkeit als es durch Alexander III. direkt dem Heiligen Stuhl unterstellt wurde.
Das Kloster brachte es durch Zuwendungen aber auch eigenen Handel bald zu außergewöhnlichem und gewann weit über die nähere Nachbarschaft an Bedeutung.
Von 1299 bis 1414 wurde ein bis heute erhaltenes gotisches Münster errichtet. 1595 wurde der Abtei das Generalvikariat über alle Zisterzienserklöster in Süddeutschland übertragen 1637 erhielt sie durch einen Vertrag mit Hause Fürstenberg auch die Grafschaftsrechte und damit die Landeshoheit über das Salemer Gebiet.
Im 17. Jahrhundert musste das Kloster schwere Rückschläge verkraften. Dreißigjährigen Krieg der Tod und Verwüstung über ganze brachte erholte es sich nur langsam und 1697 vernichtete ein Feuer nicht nur die Gebäude sondern zudem zahlreiche im Besitz der befindliche Kunstschätze.
In der Folgezeit entstanden unter dem Franz Beer aus Vorarlberg die bis heute erhaltenden Barockbauten und das Reichsstift erlebte eine glanzvolle Unter anderem gründete Abt Anselm II. 1749 die älteste Spar- und Waisenkasse Deutschlands.
In Salem hat sich eine bekannte Internatsschule etabliert. Die Schule Schloss Salem die sich heute in die Unterstufe Burg Hohenfels die Mittelstufe Schloss Salem und die Oberstufe Salem College aufteilt wurde am 14. April 1920 durch den Reformpädagogen Kurt Hahn und Prinz Max von Baden gegründet und steht unter der Schirmherrschaft baden-württembergischen Kultusministerin Annette Schavan .
Die 17 Hektar große historischen Schlossanlage beherbergt mehrere Museen anderem ein Feuerwehrmuseum ein Brennerei- und Küfereimuseum und eine historische Schmiede und bietet Besuchern auch darüber hinaus April bis einschließlich Oktober ein vielfältiges Veranstaltungsprogramm. Besonders stolz sind Schlossherren auf den Weinkeller .
Eine weitere Attraktion der Gemeinde ist Affenberg ein für Besucher zugängliches fast 20 Hektar großes Waldstück in dem rund 200 frei herumlaufen und sogar gefüttert werden dürfen. Gelände gehören außerdem ein großer Karpfen -Weiher ein Freigehege für Damwild und eine und Fütterungsstation für Weißstörche .