Huntington vertritt die These dass die Nationalstaaten im 21. Jahrhundert als zentrale politische Akteure ausgedient haben. In seinem populären Buch The Clash of Civilizations beschreibt Huntington die Ablösung der Nationalstaaten Kulturen und sagt einen Kampf der Kulturen voraus. Insbesondere hat er 1998 im Rahmen der Globalisierung auftretende weltweite Auseinandersetzungen zwischen Muslimen und Nichtmuslimen prognostiziert. Zu populären deutschen Kritikern von Huntingtons Theorie zählt Harald Müller . Die These Huntingtons gilt vor allem den USA als sehr einflußreich.
Huntington mitbegründete die einflußreiche Fachzeitschrift Foreign Policy in der er noch immer publiziert. lehrt am John M. Olin Institute for Strategic Studies der renomierten Harvard-Universität in Cambridge .